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SBC ToolBox单细胞分析模块上新组件了

上海生物芯片 来源:上海生物芯片 2023-07-14 16:45 次阅读

Arrow 展示组件

给您的UMAP & t-SNE 图加箭头坐标,让你的UMAP展示添加几分灵动,不再那么的枯燥无味。

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自由定义类群颜色进行展示;是不是看到选颜色已经手足无措了,不用担心, SBCToolBox默认采用ggsci的配色,不去自定义颜色您的图形展示也一样可以清新脱俗;如果觉得还不满意,您可以跳转到https://www4.shbiochip.com/V2023/ColSp/ 网站去筛选您中意的颜色搭配,让您的可视化结果更上一层楼。

46762bb2-2221-11ee-962d-dac502259ad0.png

上新第二弹

差异计算模块组件

单个类群与其他类群的差异比较分析添加TopN基因筛选,可控范围内自由调节,筛选出每个类群的高表达marker基因,助您快速注释细胞类型。

4698db1c-2221-11ee-962d-dac502259ad0.png

添加指定类群间的差异筛选,您有多个样本的数据,想看下同一类群中不同样本间的差异,用这个就够了,可以帮您快速筛选出指定类群间的差异marker。

46ce5e0e-2221-11ee-962d-dac502259ad0.png

上新第三弹

筛选目标类群组件

根据信息预览的meta.data信息,筛选出目的Cluster或者目标样本,将目的细胞提取出来保存,如果是多个样本,也可以根据样本情况对数据进行拆分并保存。

46e62214-2221-11ee-962d-dac502259ad0.png

上新第四弹

FeaturePlot 按列调整

根据基因展示数量情况,调整基因展示的列数,以达到FeaturePlot多行展示的目的。

46fe30ca-2221-11ee-962d-dac502259ad0.png

上新第五弹

meta信息添加

您已经对每个Cluster做好了细胞类型注释,您可以先使用SBCToolBox的表格处理模块对您的meta数据进行合并注释得到每个细胞barcode和细胞类型的注释表格,如下图:

链接:

https://www4.shbiochip.com/V2023/Sht/ShtC/

4721ad52-2221-11ee-962d-dac502259ad0.png

提交到注释信息添加组件上,就可以轻松添加注释信息。您的项目有多个样本,对其进行分组,也可以通过上述方式进行注释,注释预览如下,注释完成,您可以下载rds文件进行下一步分析。

4738de28-2221-11ee-962d-dac502259ad0.png

完成细胞注释后的展示:

这里需要重新提交注释并保存的rds文件。修改默认展示标签,即可完成分析,下图展示了注释完结果后的UMAP图及新的细胞类型与样本间的比例情况。

4698db1c-2221-11ee-962d-dac502259ad0.png

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原文标题:SBC ToolBox 单细胞分析模块上新组件了

文章出处:【微信号:SBCNECB,微信公众号:上海生物芯片】欢迎添加关注!文章转载请注明出处。

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