dcm2niix DICOM到NIfTI格式转换器

dcm2niix 被设计用来将神经影像数据从 DICOM 格式转换为 NIfTI 格式。MRIcroGL 中包含了用于 Linux、macOS 和 Windows 的最新稳定版本的编译版本。该软件的完整手册以 NITRC wiki 的形式提供。

依赖性

这个软件可以在 macOS、Linux 和 Windows 上运行，通常不需要任何其他软件。然而，如果你使用 dcm2niix 来创建 gz 压缩图像，安装了 pigz 的情况下速度会更快。你可以通过下载 MRIcroGL 获得为你的操作系统编译的 dcm2niix 和 pigz 的版本。

图像转换和压缩

DICOM 提供了许多存储/压缩图像数据的方法，被称为传输语法。COMPILE.md 文件描述了关于如何启用不同选项以提供对更多格式的支持的细节。

• 基本代码包括对原始、运行长度编码和经典 JPEG 无损解码的支持；
• 有损的 JPEG 是由内含的 NanoJPEG 处理，这种支持是模块化的：你可以为 libjpeg-turbo 编译或完全禁用它。
• JPEG-LS 无损支持是可选的，可以通过使用 CharLS 来提供。
• JPEG2000 有损和无损支持是可选的，可以使用 OpenJPEG 或 Jasper 来提供。
• GZ 压缩（例如，创建 .nii.gz 图像）是可选的，可以使用内含的 miniz 或流行的 zlib 提供。特别值得注意的是，Cloudflare 的 zlib 利用现代硬件（自2008年起可用）进行非常快速的压缩。另外，你也可以不使用gzip压缩器来编译dcm2niix。无论你如何编译 dcm2niix，它都可以使用外部程序 pigz 进行并行压缩。

安装

有几种方法可以安装 dcm2niix

• Github Releases 提供最新编译的可执行文件。这是 MacOS 和 Windows 用户的绝佳选择。但是，提供的 Linux 可执行文件需要最新版本的 Linux（例如 Ubuntu 14.04 或更高版本）
• 运行以下命令以获取适用于 Linux、Mac 或 Windows 的最新版本：
  • curl -fLO https://github.com/rordenlab/dcm2niix/releases/latest/download/dcm2niix_lnx.zip
  • curl -fLO https://github.com/rordenlab/dcm2niix/releases/latest/download/dcm2niix_mac.zip
  • curl -fLO https://github.com/rordenlab/dcm2niix/releases/latest/download/dcm2niix_mac_arm.pkg
  • curl -fLO https://github.com/rordenlab/dcm2niix/releases/latest/download/dcm2niix_win.zip
• 如果你有一台装有 Homebrew 的 macOS 电脑，你可以运行brew install dcm2niix.
• 如果你有 Conda，执行conda install -c conda-forge dcm2niix在 Linux、MacOS 或 Windows 上安装。
• 在 Debian Linux 计算机上，您可以运行sudo apt-get install dcm2niix.