基于biosql构建了分子生物学二次数据库

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上传日期: 2017-12-12

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标签:biosql(1)生物学(3)数据库(336)

  在生物信息学中,建立生物二次数据库可以针对特定物种进行更深入的研究。针对分子生物学二次数据库资源平台的构建的迫切需要,利用biosql构建了分子生物学二次数据库,运用tomcat 6.0+ Myeclipse+mysql技术,MVC开发模式,实现了以抗逆基因为例的web资源数据库平台。该平台解决了分子生物二次数据库的构建与抗逆基因数据自动获取,能及时接受研究者数据的上传和抗逆基因的快速检索。该平台同样可以应用到其他类别的分子生物,加快了对某一范围内分子生物学的研究,使研究更具针对性。

  生物信息学就其本身字面意义是所有关于生物的信息研究的学科。但是一般意义上的生物信息学就专门指关于分子水平的各种生物大分子序列、结构和功能上的信息研究。分子生物信息数据库主要包括基因组数据库、核酸和蛋白质序列数据库、蛋白质构数据库等初始数据库,以及由此而构建的二次数据库、复合数据库,即面向生物学家具有各种不同特色或特殊用途的专门数据库。自人类基因组计划从20世纪90年代开始启动后,对分子生物研究与日俱增,然而相关数据库资源平台却屈指可数。一般而言,生物信息数据库可以分为一级数据库和二级数据库。一级数据库的教据都直接来源于实验获得的原始数据,只经过简单的归类整理和注释。国际上著名的三大核酸数据库NCBI的Genebank、日本的DDBJ和EBI的EMBL数据库都是建立二次数据库的数据来源。BioPerl作为Perl语言专门用于生物信息的工具与函数模块集,是世界各地的perl开发在生物信息学、基因组学以及其他生命科学领域的智能结晶。利用BioPerl构建分子数据库是研究人员广泛使用的方法,已经形成了行业标准。

基于biosql构建了分子生物学二次数据库

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