超级计算机在药物制造的应用，可实现原子运动模拟

据IT media网报道， 日本理化研究所18日宣布已开发出专用于模拟水分子和蛋白质等运动的计算机MDGRAPE-4A，每秒可实现大约1300万亿次（1.3 petaflops）计算。

MDGRAPE-4A实现了包括蛋白质，药物和水分子在内的总共10万个原子的运动模拟，理化研究所称它“扩大了药物制造的可能性”。

用超级计算机进行药物制造的优势在于，不用实际合成药物也能仅通过结构式研究蛋白质的相互作用和结构变化。

理化研究所研究团队开发了专门用于计算原子之间作用力的算法和专用硬件，专用计算机采用了开放源代码体系结构“ RISC-V”，“ MDGRAPE-4A是世界上第一个基于RISC-V的实用大规模系统”。

据悉，普通的超级计算机模拟10万个原子在100微秒间的运动需要1年零三个月，而MDGRAPE-4A将这个期间缩短到了三个月。速度提升的原因除了超级计算机性能提升外，还因为MDGRAPE-4A将专用计算电路和通用计算合并到了SoC中，解决了在通用计算机中计算速度拖后腿的问题。

理化研究所称，目前开发出统筹硬件和软件共同解决分子动力学计算问题系统的只有美国的D.E.Shaw研究所和理化研究所，“今后也将继续探究已有技术对人工智能的应用以及专用电路与通用电路相结合大型系统的研发”。